Der Stiftungsrat setzt sich aus Persönlichkeiten zusammen, die die Zürcher Rudolf Steiner Schulen unterstützen möchten, gleichzeitig aber an keiner dieser Schulen eine Vorstandstätigkeit wahrnehmen oder aktive Schuleltern sind. Dies gewährt die notwendige Verbundenheit und Unabhängigkeit. Im Sinne des Stiftungszweckes entscheidet der Stiftungsrat jährlich über die Stipendiengesuche. Diese Entscheide basieren auf Gesuchen, welche nach strengen Vorgaben erstellt und dokumentiert werden müssen.
Der Stipendienfonds ist eine gemeinnützig anerkannte Stiftung im Sinne von Art. 80ff. ZGB. Alle Spenden zu Gunsten der Stiftung sind im gesetzlichen Rahmen steuerlich voll abzugsfähig. Für aktive Schuleltern gelten spezielle Regelungen; für detaillierte Auskünfte steht der Geschäftsführer der Stiftung zur Verfügung.
Als gemeinnützige Stiftung wird der Stipendienfonds der Zürcher Rudolf Steiner Schulen durch das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungen des Kantons Zürich beaufsichtigt. Der Jahresabschluss der Stiftung wird von einer unabhängigen Revisionsstelle kontrolliert.